Tra cứu tờ khai hải quan và thuế GTGT hàng nhập khẩu: hướng dẫn

Bạn tra cứu tờ khai hải quan trên Cổng thông tin điện tử Hải quan, mục Tra cứu thông tin tờ khai; tình trạng nộp thuế tra bằng số tờ khai và mã doanh nghiệp ở mục Tra cứu nộp thuế; nợ thuế ở mục Tra cứu nợ thuế. Với kế toán, việc quan trọng sau khi tra là ghép tờ khai với chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, vì đó là căn cứ khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu, không phải hoá đơn của người bán nước ngoài.

Tên mục và đường dẫn theo cổng hải quan tại thời điểm viết (10/2026), có thể thay đổi. Bài viết không phải tư vấn thuế, hải quan.

Tờ khai hải quan là gì?

Tờ khai hải quan là chứng từ doanh nghiệp khai với cơ quan hải quan khi xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá: thông tin hàng hoá, trị giá, mã HS, thuế suất, số thuế nhập khẩu, thuế GTGT và các loại thuế khác. Mỗi tờ khai có số tờ khai, ngày đăng ký, mã loại hình.

Với doanh nghiệp nhập khẩu, một lô hàng thường tạo ra ba nhóm chứng từ:

Chứng từ	Nằm ở đâu	Dùng để
Tờ khai hải quan	Hệ thống hải quan	Xác định hàng hoá, trị giá, số thuế phải nộp
Chứng từ nộp thuế (nhập khẩu, GTGT…)	Ngân hàng, hệ thống hải quan, kho bạc	Căn cứ khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Hoá đơn dịch vụ trong nước (vận chuyển, lưu kho, phí cảng, đại lý hải quan)	Cổng hoá đơn điện tử Cục Thuế	Chi phí, thuế GTGT đầu vào thông thường

Cách tra cứu tờ khai hải quan

Tra cứu thông tin tờ khai

1. Mở customs.gov.vn, mục Tra cứu thông tin tờ khai.
2. Nhập số tờ khai và thông tin được yêu cầu (mã doanh nghiệp, mã xác nhận).
3. Xem trạng thái tờ khai, luồng, thông quan.

Tra cứu tình trạng nộp thuế

1. Mở mục Tra cứu nộp thuế.
2. Nhập số tờ khai và mã số doanh nghiệp.
3. Xem số thuế đã nộp, còn phải nộp theo tờ khai.

Tra cứu nợ thuế hải quan

Mở mục Tra cứu nợ thuế, nhập mã số doanh nghiệp. Nợ thuế nội địa (do cơ quan thuế quản lý) tra ở nơi khác, xem tra cứu nợ thuế.

Thủ tục trực tuyến khác

Các dịch vụ công của hải quan nằm trên Cổng dịch vụ công hải quan. Doanh nghiệp thường khai báo qua phần mềm khai hải quan điện tử của nhà cung cấp hoặc đại lý.

Thuế GTGT hàng nhập khẩu: khấu trừ thế nào?

Theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, một trong các chứng từ làm căn cứ khấu trừ là chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. Điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cũng áp dụng cho hàng nhập khẩu theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Chi tiết ở bài điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Điểm thực hành:

• Thuế GTGT hàng nhập khẩu không xuất hiện trên cổng hoá đơn điện tử. Nếu chỉ lập bảng kê từ cổng thuế, bạn sẽ sót.
• Ghép đúng chứng từ nộp thuế với tờ khai; một chứng từ có thể nộp cho nhiều tờ khai và ngược lại.
• Kê khai vào kỳ có chứng từ nộp thuế theo hướng dẫn hiện hành.

Quy trình đối chiếu hàng tháng

1. Lấy danh sách tờ khai nhập khẩu trong kỳ (từ phần mềm khai hải quan hoặc đại lý).
2. Tra tình trạng nộp thuế từng tờ khai.
3. Ghép chứng từ nộp thuế GTGT với tờ khai, ghi chênh lệch nếu có.
4. Ghép hoá đơn dịch vụ liên quan (vận chuyển, phí cảng, đại lý) cùng lô hàng.
5. Đưa số thuế GTGT khâu nhập khẩu vào bảng kê mua vào cùng hoá đơn trong nước.
6. Lưu hồ sơ theo lô hàng.

Hàng xuất khẩu

Với xuất khẩu, tờ khai là một trong các chứng từ cần có để khấu trừ, hoàn thuế đầu vào. Thời điểm lập hoá đơn xuất khẩu chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày hàng được thông quan theo Nghị định 254/2026, xem thời điểm xuất hoá đơn.

hoadon.pro hỗ trợ phần nào?

• Module tờ khai hải quan: tải file XML, Excel hoặc PDF của tờ khai; hệ thống đọc số tờ khai, ngày đăng ký, số tiền thuế.
• Gợi ý ghép tờ khai với hoá đơn dịch vụ liên quan và biên lai nộp thuế, kèm số chênh lệch.
• Số thuế GTGT hàng nhập khẩu có mặt trong bảng kê mua vào cùng hoá đơn thông thường. Nhập tờ khai không tính credit.

Giới hạn: hoadon.pro không kết nối trực tiếp hệ thống hải quan; bạn tải file tờ khai lên. Tổng quan ở bài hoá đơn đầu vào là gì.

Tóm tắt

Tra tờ khai, nộp thuế, nợ thuế trên customs.gov.vn. Thuế GTGT hàng nhập khẩu khấu trừ dựa trên chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu, không nằm trên cổng hoá đơn điện tử, nên phải ghép tờ khai – chứng từ nộp thuế – hoá đơn dịch vụ hằng tháng để không sót.